一般的な FFT プログラムでは 1024 点とか 2048 点のように FFT 点数を指定するようになっているようですが、RH1 FFT ではこれを時間で指定するようになっています。
単にそういう仕様にしたというだけで、特にポリシーがあってこうしているわけではありません。

そうすると、2 のべき乗よりデータ数が足りない場合がでてきますが、そういう場合は足りない分を 0 で埋めています。
ただし、窓関数は実データ部分のみに適用しています。

例えばサンプリング周波数が 44.1kHz で窓の大きさが 10ms の場合、データ点数は 44100 * 10 / 1000 = 441 個です。
FFT 点数は 512 点で、足りない分 71 個の 0 を後ろに付け加えています。
ハニング窓を適用する場合は、441 個の点の両端で 0 になるような大きさの窓を適用しています。
すなわち、i 番目の点には √(sin(iπ/440)) をかけています。